1、 在調(diào)整定價制度，將稅負由營業(yè)稅轉(zhuǎn)為增值稅后，部分物流企業(yè)出現(xiàn)整體稅負不降反升的現(xiàn)象。造成這種情況的主要原因是運輸服務(wù)業(yè)稅率大幅提高，而企業(yè)實際可抵扣項目較少。為了應(yīng)對暫時性的稅負增加，物流企業(yè)可以考慮調(diào)整定價策略，相應(yīng)提高物流服務(wù)價格，將增加的增值稅稅負轉(zhuǎn)嫁給下游企業(yè)。對于下游企業(yè)，如果也是增值稅一般納稅人，可以扣除試點服務(wù)采購產(chǎn)生的進項稅額，相應(yīng)降低實際采購成本。由此可以看出，雙方都可以受益于原定價體系的調(diào)整，可以說是“一舉兩得”。
2、 “營改增”后，部分物流企業(yè)的銷項稅和進項稅都有所提高，這將使增值稅負擔(dān)加重。在這種情況下，作為小規(guī)模納稅人，征收率為3%。雖然進項稅不能抵扣，但總體增值稅負擔(dān)相對較低。因此，在物流業(yè)試點中中年銷售額在500萬元以上但規(guī)模不大的普通納稅人，可以考慮通過分立公司等方式改變增值稅納稅人身份，在一定程度上減輕增值稅負擔(dān)。
3、 不同性質(zhì)的收入型物流企業(yè)往往從事多種經(jīng)營，不同經(jīng)營方式的增值稅稅率不同。例如，提供運輸服務(wù)的運輸收入，按“運輸業(yè)”按11%的稅率征收增值稅，運輸貨物的倉儲、裝卸、裝卸等環(huán)節(jié)，按“現(xiàn)代服務(wù)業(yè)部分”按6%的稅率征收增值稅。根據(jù)《交通運輸業(yè)和部分現(xiàn)代服務(wù)業(yè)營業(yè)稅改征增值稅試點的規(guī)定》（財稅〔2013〕37號文附件2），試點納稅人有不同稅率或征收率的貨物或應(yīng)稅勞務(wù)的，不同稅率或者不同稅率的貨物或者應(yīng)稅勞務(wù)的銷售額，應(yīng)當(dāng)分別計算；不單獨計算銷售額的，應(yīng)當(dāng)按照較高的適用稅率計算。因此，試點物流企業(yè)同時經(jīng)營不同稅率的應(yīng)稅貨物或服務(wù)時，應(yīng)盡量分別核算不同性質(zhì)的收入，避免高適用稅率納稅。
4、 由于季節(jié)性工作量的差異，物流企業(yè)往往在淡季出租閑置的機器設(shè)備。根據(jù)《交通運輸業(yè)和部分現(xiàn)代服務(wù)業(yè)營業(yè)稅改征增值稅試點》（財稅〔2013〕37號文附件一）的規(guī)定，租賃有形動產(chǎn)增值稅率為17%，而裝卸服務(wù)業(yè)是現(xiàn)代服務(wù)業(yè)的一部分，稅率為6%。因此，試點物流企業(yè)可以考慮修改租賃合同，將設(shè)備租賃改為異地裝修工作，從而適用較低的增值稅稅率，減輕企業(yè)的增值稅負擔(dān)。