當(dāng)出現(xiàn)物流運輸糾紛以后，大多數(shù)情況下，合同雙方會考慮到多年的或良好的合作關(guān)系和商業(yè)因素，互相退讓．爭取友好協(xié)商解決，同時也為今后的進一步合作打下基礎(chǔ)。但也有的糾紛因雙方之間產(chǎn)生的分歧較大，無法通過協(xié)商解決，這時可以尋求雙方都比較信賴的行業(yè)協(xié)會或其他組織進行調(diào)解，達(dá)成和解協(xié)議，從而解決糾紛。還有一部分物流運輸糾紛，雖經(jīng)雙方較長時間的協(xié)商，以及在行業(yè)協(xié)會或其他組織介入調(diào)解以后，還是無法解決。這時，合同雙方只能尋求法律途徑來處理糾紛。
綜合上述內(nèi)容可以發(fā)現(xiàn)，解決運輸糾紛的方法一般有協(xié)商、調(diào)解、仲裁和訴訟等四種形式。
(1)協(xié)商。協(xié)商是爭議雙方在自愿互諒的基礎(chǔ)上，按照國家法律政策和合同規(guī)定，直接進行磋商，達(dá)成協(xié)議，以解決合同糾紛的方法，這是一種有效解決糾紛的方法。它有利于迅速平息爭議，有利于問題的迅速解決。
(2)調(diào)解。調(diào)解是由第三者主持，合同糾紛的雙方當(dāng)事人參加，通過調(diào)解，達(dá)成某種協(xié)議，解決合同糾紛的方法。調(diào)解的程序是：由爭議一方向相關(guān)部門提出調(diào)解申請書及相應(yīng)的證明材料；相關(guān)部門進行審核，符合法律規(guī)定即可受理；調(diào)解主持人通過與雙方交談，弄清事實，核實證據(jù)，分清是非，判明責(zé)任，提出調(diào)解方案。經(jīng)過調(diào)解，爭議雙方同意調(diào)解人提出的調(diào)解方案，由主持調(diào)解部門制作調(diào)解協(xié)議書。
(3)仲裁。仲裁是解決民事糾紛的一種較為理想的方式，具有專家裁處、自由、方便、靈活、快捷等特點，而且費用相對低廉。仲裁規(guī)則對糾紛雙方都具有約束力，而且只要仲裁符合規(guī)則，該項仲裁就是終局性的。目前，我國對仲裁進行規(guī)范的法律是1995年的《仲裁法》。
糾紛雙方在兩種情況下，可以采取仲裁方式解決物流運輸糾紛：第一，在訂立的合同中已經(jīng)選擇了仲裁作為解決糾紛的方式；第二，在糾紛發(fā)生后一致同意采用仲裁方式來解決糾紛。
(4)訴訟。在物流運輸糾紛發(fā)生以后，如果合同雙方無法達(dá)成一致的解決方案，或雙方未對糾紛的解決方法進行約定，則應(yīng)該通過訴訟的方式來解決。由一方或雙方向有管轄權(quán)的法院提起訴訟，然后由法院作出判決。一方或雙方如果對一審判決不服，還可以進行上訴、申訴的等。