作為一個安全的edi報關(guān)系統(tǒng)，一是必須具有一個安全、可靠的通信網(wǎng)絡(luò)，以保證報關(guān)信息安全、快速、準(zhǔn)確地傳遞；　
第二是必須保證數(shù)據(jù)庫服務(wù)器絕對安全，防止黑客闖入網(wǎng)絡(luò)盜取、篡改和破壞信息。　
第三，是電子報關(guān)數(shù)據(jù)和電子簽名的法律效力問題。電子數(shù)據(jù)報關(guān)單上沒有申報單位的印鑒和報關(guān)員的簽名，只有電子簽名。從海關(guān)的電腦打印出來的電子數(shù)據(jù)報關(guān)單及其有關(guān)報關(guān)單證能否直接作為證據(jù)?通關(guān)作業(yè)改革實施后，在電子報關(guān)單和紙質(zhì)報關(guān)單并存的情況下，出現(xiàn)兩者內(nèi)容不一致，應(yīng)以哪種單證為有效單證?另外，由于電子數(shù)據(jù)的易消失性(如在操作時指令失當(dāng)或染上電腦病毒，均會導(dǎo)致電子數(shù)據(jù)的部分或全部消失)和易改動性，主觀上或客觀上容易造成edi用戶與海關(guān)計算機記載的內(nèi)容不一致，這時應(yīng)以哪方計算機的儲存內(nèi)容為準(zhǔn)?如何認(rèn)定當(dāng)事人申報不實或偽報、瞞報的法律責(zé)任等等。