這種集裝箱船的主要特點是，將船其中的一部分貨艙設計成為永久性裝載集裝箱的專用貨艙，其它船艙為裝載其它貨物的貨艙。半集裝箱船的集裝箱專用艙，也設有導箱軌，以便將集裝箱固定住。通常將集裝箱專用艙布置在最適合裝載集裝箱的船體中央部位，又把它稱之為分載型船。
由于半集裝箱船將集裝箱與普通雜貨裝載在同一艘船上，所以裝載的集裝箱數(shù)量不多，且在船上配備有起重設備。在裝卸船作業(yè)中，往往將集裝箱很快裝卸完畢，而其它貨艙的普通貨物的裝卸作業(yè)還遠沒有結束。這種船在集裝箱專用碼頭將集裝箱裝卸完畢后，當再裝卸普通貨物時還存在船舶的移泊問題。因此，這種運輸船舶存在著營運率不高的缺點。