專業(yè)報關(guān)企業(yè)的代理報關(guān)、納稅行為是一種行政法律性質(zhì)的行為，其代理活動必然產(chǎn)生一定的法律后果，直接影響海關(guān)對進出口貨物進行監(jiān)管以及征收稅費等行政執(zhí)法行為的發(fā)生和進行。因此，專業(yè)報關(guān)企業(yè)以其報關(guān)活動，直接與海關(guān)發(fā)生聯(lián)系而產(chǎn)生了相應(yīng)的權(quán)利和義務(wù)，并且以其獨立法人的地位承擔報關(guān)活動中產(chǎn)生的一切法律責任。　
專業(yè)報關(guān)企業(yè)在報關(guān)活動中的法律責任，根據(jù)其行為的性質(zhì)和輕重，可以分為以下幾種情況：　
(1)專業(yè)報關(guān)企業(yè)在辦理報關(guān)納稅等事宜中，發(fā)生走私、偷逃稅款等違反海關(guān)法行為的，由海關(guān)按照《中華人民共和國海關(guān)法》和《中華人民共和國海關(guān)法行政處罰實施細則》的規(guī)定處理，并取消其報關(guān)資格。企業(yè)負責人、報關(guān)部門主管人員及發(fā)生違法行為的報關(guān)員在一定期限內(nèi)不得再從事報關(guān)工作?！?br>(2)如果專業(yè)報關(guān)企業(yè)受委托人的欺騙，向海關(guān)報關(guān)時發(fā)生偽報、瞞報行為的，由海關(guān)按照法律的規(guī)定追究報關(guān)企業(yè)的經(jīng)濟責任。報關(guān)企業(yè)與委托人之間的經(jīng)濟糾紛由雙方自行訴諸法律解決。法律規(guī)定的刑事責任，由司法部門對犯走私罪的直接責任人進行追究。如果專業(yè)報關(guān)企業(yè)違反國家法律，被工商行政管理機關(guān)吊銷營業(yè)執(zhí)照的，由海關(guān)取消其報關(guān)資格。；　
(3)專業(yè)報關(guān)企業(yè)如有下列情事之一，由所在地海關(guān)暫停其6個月以內(nèi)報關(guān)權(quán)：　
①違反《海關(guān)法》和其他有關(guān)法規(guī)，但不構(gòu)成走私行為的；　
②對報關(guān)員管理不嚴，多人次被取消報關(guān)員資格的；　
③拖欠稅款和不能履行納稅義務(wù)的；　
④經(jīng)海關(guān)年審不合格或未經(jīng)海關(guān)同意不參加年審的；　
⑤違反海關(guān)規(guī)定，有變更未核準，停業(yè)未備案，出借其名義或借用他人名義報關(guān)納稅，未建立賬冊和經(jīng)營記錄，未完整保留有關(guān)單證、票據(jù)、函電，不接受海關(guān)稽查等情事的。